Unsere Gemeinde entstand am 1. Oktober 2006 durch Vereinigung der St. Andreas-Gemeinde am Ostbahnhof und der Lazarus-Gemeinde in der Marchlewskistraße. Mit dem Namen St. Markus lebt der Name einer Gemeinde wieder auf, aus der die Lazarus-Gemeinde 1896 ausgegründet wurde. Die ursprüngliche St. Markus-Gemeinde wurde 1854/55 zeitgleich mit der St. Andreas-Gemeinde in der damaligen Stralauer Vorstadt gegründet und ging nach dem 2. Weltkrieg in der St. Andreas-Gemeinde auf.
Unsere Gottesdienste feiern wir in den ehemaligen Gemeindesälen von St. Andreas und Lazarus, die die Kriegzeiten überdauert haben.